病人出现治疗失败的原因有很多种，而区分治疗失败的原因非常重要，因为不同原因造成的治疗失败，接下来的处理方式也有所不同。
1.依从性不良抗病毒治疗的依从性对病毒抑制的效果，减少耐药发生，提高生存率和生活质量有着重要的作用。有研究显示依从性不佳和药物不良反应能解释28%-40%的治疗失败及方案中断。影响依从性的因素有很多，包括文化
水平较低，某些年龄相关因素(如视力缺损、认知障碍)、社会心理因素(如抑郁、无家可归、缺乏社会支持等)、社会歧视、正在吸毒、服药困难(如药品吞咽困难、方案过于复杂、药片负担重、服药过于频繁、服药时对食物的要求等)、药物不良反应，等等，都有可能影响患者的依从性。因此对治疗失败的患者首先应评价其依从性。
对于因依从性欠佳而导致治疗失败的患者，应尽可能地找到其影响依从性的原因，帮助其解决并加强依从性教育，依从性提高后，尚未出现耐药的患者的治疗失败可得到改善，而对于因依从性问题已经导致耐药发生的患者，必须在依从性得到纠正之后对其更换二线药物。
2.药物不良反应对治疗失败的患者应评价其对现用方案的耐受情况及不良反应的严重程度和时程，需要注意，即使很小的不良反应也有可能影响依从性而导致治疗失败。对于因不良反应而出现治疗失败但尚未出现耐药的患者，处理原则包括:①对症处理(如止吐、止泻、抗过敏等等);②如果必要，将引起不良反应的药物更换为其他药物。对于因不良反应而出现治疗失败且已经出现耐药的患者应更换为二线药物，必要时对不良反应进行治疗处理。
3.药物代谢动力学问题对治疗失败的患者应回顾其所用药物服药时的食物要求。回顾其近期的胃肠道症状(如呕吐、腹泻)以评价短期吸收不良的可能性。回顾其所有合并用药及饮食构成评价可能的药物相互作用，如果需要，更换或避免使用产生相互作用的药物和食物)。
4.耐药出现当怀疑患者已经出现耐药而导致整个治疗方案失败时，应对患者进行耐药检测。由于耐药有累积的趋势，因此评估患者的耐药程度时，应考虑之前的所有治疗用药史和之前的耐药检测结果，然后根据患者的耐药特点，选择药物更换二线治疗方案。
治疗中应该注意鉴别可能导致治疗失败的原因一般来说，由于药物不良反应引起的依从性不良，只需要将引起不良反应的药物替换即可，而治疗仍可以继续。这与因耐药而导致的治疗失败具有本质区别。
以下总结了怀疑治疗失败时，应该考虑的一些因素。
1药物不良反应药物不良反应有可能影响患者接受抗病毒治疗的能力，分析药物不良反应的类型以及严重程度，并对症处理(如应用抗呕吐药、抗腹泻药)，可考虑调整治疗方案以消除药物不良反应。
2依从性患者是否按正确的时间表和剂量服用药物，患者是否遵从了服药对饮食的要求。
3吸收不良是否有提示患者对药物吸收不良的指征。
4药物相互作用对患者服用过的所有药物，包括中草药进行回顾，寻找与抗病毒药物有潜在相互作用的药物，尤其是可降低血药浓度的药物。
5免疫重建综合征免疫重建综合征通常会以机会性感染形式出现，如果在抗病毒治疗的最初3个月内出现症状，要考虑免疫重建综合征的可能。
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